Το ΕΑΠ διαθέτει ένα αποτελεσματικό σύστημα διαχείρισης ποιότητας σύμφωνα με τις απαιτήσεις που ορίζει το Διεθνές Πρότυπο Διαχείρισης Ποιότητας ΕΛΟΤ EN ISO 9001:2008. Εστιάζει στους άμεσα ενδιαφερόμενους των παρεχόμενων υπηρεσιών του ΕΑΠ και εξασφαλίζει ότι οι απαιτήσεις και οι προσδοκίες των Φοιτητών του ΕΑΠ αλλά και του προσωπικού και των καθηγητών ικανοποιούνται με τον καλύτερο δυνατό τρόπο. Στο έτος 2011-2012 η ΜΕΑΕ έθεσε σε εφαρμογή τις Διεργασίες παρακολούθησης, μέτρησης, ανάλυσης δεδομένων και βελτίωσης που αποδεικνύουν ότι οι υπηρεσίες που παρέχει συμμορφώνονται με τις απαιτήσεις του ISO 9001:2008.
Στην 1η διεργασία ΔΙΕ111 (Αξιολόγηση Διδασκόντων, Εκπαιδευτικού Υλικού, Οργάνωση Θ.Ε. και Διοικητικών Υπηρεσιών ΕΑΠ από Φοιτητές και Συντονιστές) αναλύεται ο τρόπος με τον οποίο πραγματοποιείται η αξιολόγηση και αναφέρονται όλα τα στοιχεία που απαιτούνται προκειμένου να λάβει χώρα η αξιολόγηση. Ο αντικειμενικός σκοπός της συγκεκριμένης διεργασίας είναι η άμεση αξιολόγηση από Φοιτητές και συντονιστές και ως δείκτης μέτρησης της αποτελεσματικότητας και βελτίωσης αποτελεί ο αυξανόμενος αριθμός ερωτηματολογίων που συμπληρώθηκαν με ταυτόχρονη εξυπηρέτηση μεγάλου πλήθους Φοιτητών από το σύστημα.
Στην 2η διεργασία ΔΙΕ114 (Δημιουργία – Διάθεση Στατιστικών & Αναλυτικών στοιχείων Αξιολόγησης) περιγράφεται ο τρόπος με τον οποίο γίνεται η επεξεργασία και μελέτη των αποτελεσμάτων. Ο σκοπός της είναι η ανάπτυξη στατιστικών στοιχείων των αποτελεσμάτων αξιολόγησης και η ενημέρωση όλων των Κοσμητειών με αναλυτικά στοιχεία.
Η 3η διεργασία ΔΙΕ115 (Εκθέσεις Αξιολόγησης Διδακτικού Έργου και Φοιτητών) αφορά στην παραγωγή εκθέσεων με δείκτες για στοιχεία του διδακτικού έργου και την εξέλιξη σπουδών, επιδόσεις και γενικά στοιχεία για τους φοιτητές ανά ακαδημαϊκό έτος. Ο σκοπός των εκθέσεων είναι να ενημερωθούν οι Κοσμήτορες και οι Διευθυντές ΠΣ για κρίσιμα στοιχεία και σημεία που χρίζουν βελτίωσης